儲存藥品分區分類要適度。若分類過細，就是給每種藥品都留出貨位，卻往往由于存放不滿而浪費倉容，還經常因某種藥品數量增加，而原貨位存不下時，發生“見空就塞”的弊病，結果等于沒有分類；若分類過粗，就是在一個貨區內混存多種藥品，勢必造成管理上的混亂。
貨位的區分還要結合實際，隨時調整，做到“專而不死，活而不亂”。在各類藥品貨位基本固定的情況下，當分區范圍劃定的品種在數量上有較大的變化時，盡量在同一大類其它分類貨區內調劑儲存，必要時還可調整分區分類。這樣使分類儲存的藥品既有相對的穩定性，又有調劑的靈活性。此外，為應付特殊情況，庫房還要預留一定的機動貨位，可避免固定貨區因超額儲存不能安排而到處亂放的問題，能夠隨時接收計劃外入庫，還可作為藥品待點、整理等場地之用。
庫常用的倉庫藥品貨架主要有以下幾種：層架，層架分為開式和閉式、單面和雙面結構；層架格；抽屜式和櫥式藥品貨架；調節式藥品貨架；裝配式藥品貨架；活動藥品貨架（移動式藥品貨架）等。
在庫區內，藥品貨架應背靠背地成雙行排列，并與主通道垂直，單行藥品貨架可以靠防火墻放置，同時還要考慮藥品的發放情況，如周轉快的藥品架應放在發運區附近，周轉慢的放在庫內較遠的地區。藥品貨架標志應放在各行藥品貨架面向通道的兩端，以便標明各行藥品貨架編號及存放物資的種類，層格架(抽屜架)每格(每一抽屜)應有固定標簽的位置。藥品貨架內物品應按從后向前的順序以及按編號的位置存放，并留一定數量的空位，以便在儲存新品種時使用。
架存藥品的數量取決于藥品的品種、規格尺寸以及發放的要求，沒有必要拆開過多的原箱藥品置于架上。為了便于補充，零散藥品的識別標志都應放在藥品貨架格的開口處，以便識別。某些不易辨認的藥品，在格內可保留一個標志齊全的樣品，以助于識別。藥品貨架格容積的利用率達到75％，即認為符合要求，如果低于這個標準，應調整藥品貨架格的尺寸。
